À chegada fundearam diante de Tripoli tendo os Portugueses constatado que não se encontrava qualquer navio Francês no porto, pelo que iniciaram as negociações com o Bei de Tripoli, tendo este numa primeira fase acedido a todas as exigências dos Portugueses.
No entanto, passados alguns dias, o Bei reconsiderou e recusou-se a entregar aos Portugueses os Franceses que viviam em Tripoli.
Os Portugueses responderam ameaçando que caso a suas exigências não fossem acatadas então bloqueariam o porto, tendo consequentemente atríbuido um prazo de 14 horas para receber a resposta / decisão do Bei.
Entretanto durante tal prazo Tripoli foi acometida por um temporal que forçou a nau Portuguesa a fazer-se ao largo. Terminado o temporal a Afonso Albuquerque reaproximou-se de Tripoli tendo fundeado novamente diante da cidade.
Durante os dias em que nau Portuguesa se havia mantido afastada de Tripoli afim de se proteger do temporal, uma polaca de guerra Tripolitana com 18 peças e 150 homens de guarnição havia entrado no porto e fundeado no seu interior num local onde a nau Portuguesa devido ao seu calado não poderia lá chegar.
Embora inicialmente a ideia fôsse a de persuadir os Tripolitanos a aceder aos intentos dos Portugueses somente por via da imposição de um bloqueio ao porto, os Portugueses decidiram entretanto após a chegada da polaca de guerra que seria útil efectuar uma demonstração de força afim de obrigar o Bei a ceder, pelo que decidiram entrar no porto, tomar a polaca e eventualmente atacar os que se encontravam em terra.
Um primeiro escaler comandado por Miguel José de Oliveira Pinto atracou á polaca abordando-a, no entanto os Tripolitanos apercebendo-se da abordagem cortaram as amarras afim de que a embarcação fôsse empurrada pela ondulação afim de encalhar na praia e assim beneficiar da ajuda dos seus compatriotas armados que estavam em terra.
Para piorar a situação a boça do escaler que estava atracada á polaca no interior do qual ainda se encontravam alguns Portugueses que ainda não haviam saltado para o interior do navio inimigo partiu-se tendo sido levado pela ondulação para a praia onde encalhou e foi imediatamente atacado pelos Tripolitanos que estavam em terra armados.
Vendo isto, José Maria de Almeida mandou que um segundo escaler comandado por Alexandre Luís de Sousa Malheiros abordasse a polaca afim de auxiliar os Portugueses que no seu interior ainda se encontravam lutando afim de se apoderar da polaca enquanto ele próprio dirigiu-se com a lancha para a praia afim de socorrer os Portugueses do escaler encalhado que lá lutavam com os Tripolitanos.
Os Portugueses tomaram definitivamente a polaca cujos canhões usaram para imediatamente fustigar o inimigo que se encontrava em terra a atacar os outros Portugueses do escaler encalhado e da lancha que numa situação crítica lá se encontravam lutando em inferioridade numérica.
Graças ao ataque de artilharia da polaca agora controlada pelos Portugueses bem como pela da nau Afonso de Albuquerque que entretanto aproximara-se mais do local do combate e da ajuda da lancha de José Maria de Almeida, os Portugueses conseguiram rebocar o escaler que havia encalhado e regressar à nau juntamente com os Portugueses que evacuaram a polaca depois de a porem em fogo por esta ter entretanto também encalhado e não ter sido possível rebocá-la por ter ficado bem presa no fundo.
No dia seguinte, a nau Portuguesa Afonso de Albuquerque que entretanto iniciou o bloqueio a Tripoli, capturou uma fragata Tripolitana que havia tentado entrar no porto bem como um navio Sueco que aqueles rebocavam após o terem apresado.
Os Portugueses levantaram ferro e abandonaram Tripoli no dia 20 de Maio de 1799 somente após o Bei de Tripoli receando a ruína da sua cidade em virtude do bloqueio que entretanto havia sido imposto pelos Portugueses, ter-se submetido a todas as exigências dos Portugueses.